泓迅生物精心編制的載體指南,不僅內(nèi)容詳盡,而且結(jié)構(gòu)清晰,旨在為科研工作者提供一個便捷的參考工具。在載體指南中,我們詳細介紹多種類型的載體,包括但不限于質(zhì)粒載體、病毒載體、克隆載體、表達載體等。我們針對每一種載體都進行詳盡的闡述,包括其特點、優(yōu)勢、限制、應(yīng)用等關(guān)鍵信息。
泓迅生物的載體指南是一份寶貴的學習資料,它將為您在科研道路上提供有力的支持和幫助。我們期待與您攜手共進,共同推動生物技術(shù)的發(fā)展和創(chuàng)新。
一、載體概述
載體
將目的基因(DNA片段)轉(zhuǎn)入目標細胞、組織或生物體中以實現(xiàn)基因克隆、表達、編輯等一系列功能研究,該方法是生物領(lǐng)域最常用的一種研究方法。在基因工程領(lǐng)域,為避免目的基因DNA片段序列的降解同時保證功能有效性,在轉(zhuǎn)入細胞、組織或生物體之前,需要先通過基因工程技術(shù)將目的基因構(gòu)建在一類具有在宿主細胞內(nèi)進行自主復制能力的DNA分子上,該類運輸工具被稱為載體(Vector)。其中,工程化的質(zhì)粒是基因工程中最常用的載體。
質(zhì)粒載體
質(zhì)粒是生物細胞內(nèi)固有的、能獨立于寄主染色體而自主復制、并被穩(wěn)定遺傳的一類核酸分子,常見于原核細菌及真菌中。絕大多數(shù)的質(zhì)粒是DNA型的,少部分為RNA型。天然DNA質(zhì)粒大都具有共價、封閉、環(huán)狀的分子結(jié)構(gòu),具有分子量大、拷貝數(shù)低、單一酶切位點少等特點。通過對天然質(zhì)粒進行元件添加、優(yōu)化等工程化改造,將其轉(zhuǎn)換成基因工程中最常用的載體,也稱為質(zhì)粒載體。
功能特點:
? 載裝能力:具有外源基因插入位點,外源基因插入該位點后不會破壞質(zhì)粒載體的功能。
? 運輸能力:將目標基因轉(zhuǎn)入細胞。
? 復制或整合能力:為目標基因提供復制能力或整合能力。
? 具有擴增或表達能力:為目標基因的擴增或表達提供必要條件。
? 具有篩選標記。
? 具有不相容性:含有相同Ori的2個不同的質(zhì)粒不能同時存在于1個細胞中。
基本組成元件:
(1)
復制起始點(Ori):一段富含AT和重復序列的特定序列,通過招募復制相關(guān)蛋白啟動質(zhì)粒復制。Ori決定了質(zhì)粒在宿主中的拷貝數(shù),高拷貝質(zhì)粒(10-60個拷貝)被稱為松弛型復制質(zhì)粒;低拷貝質(zhì)粒(1-3個拷貝)被稱為嚴緊型復制質(zhì)粒,通常適用于毒性基因及大片段基因的克隆。只有1個Ori,表示是原核的克隆或表達質(zhì)粒;有2個Ori,則表示該質(zhì)粒是穿梭質(zhì)粒,即可在原核也可在真核中復制。注意:具有相同的ori的質(zhì)粒具有不相容性,不可共轉(zhuǎn)染。
(2)
抗性篩選基因(R):即抗生素抗性基因,方便后續(xù)通過抗生素篩選陽性克隆。一般克隆發(fā)載體只有1種抗性篩選標記,部分穿梭質(zhì)粒具有2種抗性篩選標記。注意:原核生物和真核生物中的篩選基因不完全一致,原核生物中常見的有Ampr、Camr、Kanr、Tetr等;真核生物中常見的有Puro、G418、Hygr;原核和真核都可以的篩選基因有Zeocin、Blasticidin。
(3)
多克隆位點(MCS):即多個限制性內(nèi)切酶酶切位點匯集序列區(qū),其中的每個酶切位點在整個質(zhì)粒載體中只有一個。MCS區(qū)是外源基因的插入位點,一般位于啟動子與轉(zhuǎn)錄終止信號元件之間。不同載體,MCS所包含的限制性內(nèi)切酶種類、數(shù)目不同。注意:插入基因序列過長會導致質(zhì)粒載體轉(zhuǎn)化效率變低。
(4)
啟動子(P):通過與RNApol特異型結(jié)合,啟動下游DNA轉(zhuǎn)錄的一段DNA序列,本身不被轉(zhuǎn)錄。啟動子決定基因表達的細胞類型及表達量。根據(jù)在細胞中啟動表達的形式不同,分為3類:組成型/廣譜型啟動子,組織/細胞基因特異性啟動子,誘導表達啟動子。
(5)
增強子(Enhancer):一種增強鄰近基因轉(zhuǎn)錄過程的順式作用元件,無方向性。
(6)
核糖體識別位點(RBS):位于mRNA的起始密碼子(AUG)上游,核糖體可以識別、結(jié)合這段序列并向下尋找ATG以起始蛋白翻譯。在原核生物中表達載體上的RBS為SD序列(位于AUG前面);在真核生物中,主要依賴于mRNA的5’端帽子結(jié)構(gòu),除此之外,IRES元件和2A多肽元件也可作為RBS以啟動蛋白表達。
(7)
轉(zhuǎn)錄終止子(Terminator):位于待轉(zhuǎn)錄基因下游的3’端調(diào)控元件之后,主要為多聚腺苷酸化或聚(A)信號,具有終止轉(zhuǎn)錄功能。原核生物主要為polyA;真核生物如哺乳動物常見的終止子(SV40 polyA、hGH polyA、BGH polyA和rbGlob)包括促進聚腺苷酸化和終止的序列基序AAUAAA。
(8)引物結(jié)合位點(PBS):一段短的單鏈DNA序列,可以與PCR擴增或測序的引物結(jié)合,主要用于質(zhì)粒序列的人工檢測。注意:該類位點可以根據(jù)應(yīng)用進行靈活設(shè)計。
二、質(zhì)粒載體分類
質(zhì)粒載體將目的基因?qū)胨拗骷毎M而實現(xiàn)基因功能表達,這些載體在分子生物學研究中發(fā)揮著至關(guān)重要的作用,是推動合成生物學、生物醫(yī)藥、基因治療、靶點藥物篩選及農(nóng)業(yè)生物技術(shù)等領(lǐng)域發(fā)展的基礎(chǔ)。根據(jù)質(zhì)粒載體的多樣化應(yīng)用,其分類也是多樣化的,主要有以下幾種:
1、按照屬性質(zhì)粒載體可分為:病毒載體和非病毒載體。其中,病毒載體是一種利用病毒作為基因傳遞的載體,通常通過將外源基因插入或替換病毒基因組的方式,將所需的基因輸送至目標細胞中。病毒載體具有高度傳染性和特異性,能夠在宿主細胞中高效地傳遞和表達外源基因。
病毒載體的應(yīng)用:
(1)基因治療:利用病毒載體將治療性基因?qū)氲侥繕思毎校糜谥委熯z傳性疾病、癌癥等疾病。
(2)基因編輯:利用病毒載體將基因編輯工具(如CRISPR/Cas9系統(tǒng))輸送至目標細胞中,實現(xiàn)基因組的精準編輯和修飾。
(3)疫苗開發(fā):利用病毒載體作為疫苗遞送平臺,輸送目標抗原基因至免疫細胞中,誘導免疫反應(yīng),從而產(chǎn)生保護性免疫應(yīng)答。
(4)基因研究:在基因功能研究、蛋白質(zhì)表達和藥物篩選等領(lǐng)域,病毒載體用于將特定基因傳遞到細胞或動物模型中,研究其功能和作用機制。
病毒載體分類及比較如下:
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載體類型
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定義
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特點
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優(yōu)勢
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限制
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慢病毒(LV)載體
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一種基于慢病毒(如人類免疫缺陷病毒HIV-1)的基因傳遞系統(tǒng),去除了病毒的復制和致病基因,慢病毒載體保留了病毒將遺傳物質(zhì)整合到宿主細胞的基因組中特性。
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1、整合能力:可將外源基因整合進宿主細胞的染色體DNA中。
2、宿主范圍廣:對分裂細胞和非分裂細胞都有感染能力。
3、可穩(wěn)定性表達。
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載荷容量較大:適用于攜帶較大基因片段或多個基因的轉(zhuǎn)導。
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潛在致癌風險:基因整合可能導致插入突變,增加致癌風險。
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腺病毒載體
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一種基于腺病毒(Adenovirus)的基因轉(zhuǎn)移工具,腺病毒是一種無包膜的雙鏈DNA病毒,能夠在非分裂的細胞中高效地表達外源基因,不整合到宿主細胞基因組中,適合短期表達。
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1、非整合能力。
2、感染范圍廣:能夠感染包括分裂細胞和非分裂細胞在內(nèi)的廣泛宿主細胞。
3、瞬時表達。
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1、高效感染:能夠在短時間內(nèi)感染大量細胞。
2、安全性高:腺病毒載體不整合到宿主細胞染色體中,無插入致突變性。
3、高滴度:腺病毒載體可產(chǎn)生高滴度的病毒液,有利于大規(guī)模制備和應(yīng)用。
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1、瞬時表達:外源基因表達持續(xù)時間較短,需要多次接種以達到治療效果。
2、免疫反應(yīng)風險:腺病毒具有較強的免疫原性,可能引發(fā)宿主細胞的免疫反應(yīng)和炎癥反應(yīng),影響治療效果。
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腺相關(guān)病毒(AAV)載體
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一種基于腺相關(guān)病毒(Adeno-Associated Virus, AAV)的基因轉(zhuǎn)移工具,AAV是一種小的、非包膜的單鏈DNA病毒,它與多種腺病毒有關(guān),但與腺病毒不同,AAV本身不會引起疾病,因此在作為基因載體時具有很高的安全性。
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1、小型單鏈DNA病毒:基因組DNA<5 kb,無包膜。
2、非致病性:AAV自然存在于人類中,但并不會導致任何已知的疾病。
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1、安全性高:AAV不會破壞宿主細胞的基因組,不會引起明顯的免疫反應(yīng)或病理反應(yīng)。
2、可長期表達:AAV可以在宿主細胞中長期表達外源基因。
3、靶向性:AAV有多種血清型,不同的AAV血清型可以靶向不同的細胞和組織。
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1、載體容量有限:AAV的基因組較小,能夠攜帶的外源基因序列長度有限,通常不超過4.5 kb。
2、免疫原性:雖然AAV的免疫原性較低,但在部分人群中仍可能引起免疫反應(yīng)。
3、制備成本高:AAV的制備過程較為復雜,成本較高。
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逆轉(zhuǎn)錄病毒載體
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一種利用逆轉(zhuǎn)錄病毒作為遞送系統(tǒng)的基因轉(zhuǎn)移工具,逆轉(zhuǎn)錄病毒載體通常來源于能夠?qū)NA逆轉(zhuǎn)錄成DNA的病毒,如人類免疫缺陷病毒(HIV)經(jīng)過改造后的形式。
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1、RNA病毒:逆轉(zhuǎn)錄病毒是一種單鏈RNA病毒,其基因組以RNA形式存在。
2、逆轉(zhuǎn)錄機制:逆轉(zhuǎn)錄病毒利用逆轉(zhuǎn)錄酶將其RNA基因組逆轉(zhuǎn)錄為DNA,并整合到宿主細胞基因組中。
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1、穩(wěn)定表達:由于整合到宿主基因組,逆轉(zhuǎn)錄病毒載體可以實現(xiàn)長期的基因表達。
2、較大基因載量:逆轉(zhuǎn)錄病毒能夠攜帶較大的外源基因序列,通常可達8-10 kb。
3、感染效率高:逆轉(zhuǎn)錄病毒載體可以感染多種類型的細胞,包括一些難以轉(zhuǎn)染的細胞類型。
4、技術(shù)成熟:逆轉(zhuǎn)錄病毒載體技術(shù)相對成熟,有多種載體和包裝系統(tǒng)可供選擇。
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1、整合位點不確定性:逆轉(zhuǎn)錄病毒隨機整合到宿主基因組中,可能引起插入突變,導致基因組不穩(wěn)定性和潛在的致癌風險。
2、主要感染分裂細胞。
3、潛在的免疫反應(yīng):盡管逆轉(zhuǎn)錄病毒通常不會引起強烈的免疫反應(yīng),但在某些情況下仍可能引發(fā)宿主免疫系統(tǒng)的反應(yīng)。
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2、按照進入受體細胞的類型不同可分為原核載體、真核載體和穿梭載體(即可以存在于原核細胞,又可存在于真核細胞)。
3、按照Ori元件不同可分為高拷貝質(zhì)粒和低拷貝質(zhì)粒。
4、按照載體性質(zhì)不同可分為融合型載體和非融合型載體。融合型載體能夠?qū)⑼庠椿蛘线M宿主細胞的基因組實現(xiàn)外源基因在宿主細胞中的穩(wěn)定表達,又稱為穩(wěn)定型表達載體;非融合型載體裝載著目標基因以游離的形式存在于細胞中,使得目標基因在宿主細胞中的短暫表達,又稱為瞬時表達載體。
瞬時表達載體與穩(wěn)定性表達載體比較如下:
質(zhì)粒類型
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工作原理
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導入細胞方法
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特點
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優(yōu)勢
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限制
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應(yīng)用
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瞬時表達載體
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游離于細胞中,帶動目標基因在短時間內(nèi)快速表達并達到高峰,隨后逐漸降低。
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病毒包裝、化學試劑、電穿孔等。
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篩選標記基因是非必須元件;
表達快速、操作簡單。
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表達快速、操作簡單、靈活、成本低
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1、可能觸發(fā)細胞防御機制,導致基因沉默;
2、高效表達可能會對細胞產(chǎn)生毒性;
3、表達非永久且不穩(wěn)定。
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快速分析基因的功能或蛋白活性。
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穩(wěn)定表達載體
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將目標基因整合在宿主細胞基因組后使得目標基因持續(xù)且穩(wěn)定性表達。
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病毒包裝、化學試劑、電穿孔等
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篩選標記基因是必須元件;
持續(xù)穩(wěn)定表達
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長期穩(wěn)定表達、表達水平可控、遺傳穩(wěn)定性、安全性高、可重復性好
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1、轉(zhuǎn)化效率低;
2、細胞篩選周期長、成本高;
3、轉(zhuǎn)染/轉(zhuǎn)化條件苛刻
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在基因工程、細胞生物學及醫(yī)學等領(lǐng)域應(yīng)用廣泛,如重組蛋白生產(chǎn)、基因功能研究、基因治療藥物開發(fā)等。
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5、按照功能不同可分為克隆載體、表達載體、基因編輯載體、表達調(diào)控載體、體外轉(zhuǎn)錄載體及功能檢測載體等。
? 克隆載體查看詳細
主要元件組成:復制起始點、多克隆位點及抗性篩選基因。
主要功能與應(yīng)用:用于DNA復制與擴增。
? 表達載體查看詳細
主要元件組成:除了克隆載體的基本元件,還須具備轉(zhuǎn)錄/翻譯所必須的DNA元件,如啟動子、核糖體結(jié)合位點、轉(zhuǎn)錄終止信號。啟動子驅(qū)動目標基因轉(zhuǎn)錄生成RNA,合成的RNA在轉(zhuǎn)錄終止信號下停止轉(zhuǎn)錄。
(1)根據(jù)啟動子類型可分為組成型表達載體、組織特異性表達載體和誘導表達載體,比較如下:
載體類型
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特點
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優(yōu)勢
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限制
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應(yīng)用
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組成型表達載體
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能在多種細胞類型或生物體中實現(xiàn)基因的持續(xù)表達。
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表達量高;
構(gòu)建及使用較為簡單;
通用性:不受細胞類型限制
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缺乏調(diào)控性:基因過表達可能對細胞產(chǎn)生毒性;
持續(xù)表達,消耗過量細胞資源,影響細胞的正常生理功能。
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通過基因亞細胞定位及過表達研究基因功能;
提高基因表達量以獲得大量目標蛋白
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組織特異性表達載體
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在特定的細胞類型、發(fā)育階段或環(huán)境條件下,對目標基因進行選擇性表達。
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特異性表達:能夠在特定的細胞類型、組織類型下實現(xiàn)外源基因的特異性表達,而不影響其他細胞或組織。
特定調(diào)控元件:如組織特異性啟動子、調(diào)節(jié)子或響應(yīng)元件等,用于調(diào)控外源基因的表達。
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復雜性:需要設(shè)計和構(gòu)建特異性調(diào)控元件,相對比較復雜,需要一定的技術(shù)和資源支持。
表達水平波動:外源基因的表達水平可能不夠穩(wěn)定,需要進一步優(yōu)化調(diào)控元件以提高表達的穩(wěn)定性。
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適用于多種研究或應(yīng)用領(lǐng)域,如基因治療、基因調(diào)控、生物傳感等。
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誘導表達載體
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含有特定的誘導或響應(yīng)元件,在特定的外部信號或誘導劑的作用下,對目標基因進行調(diào)控性表達。
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精確調(diào)控:可精確控制基因表達的時間和強度,有助于避免非特異性效應(yīng)。
節(jié)省成本:只在必要時誘導表達,避免了持續(xù)表達可能造成的資源浪費。
靈活性高:能夠根據(jù)需要選擇不同的誘導條件,實現(xiàn)外源基因的誘導表達或抑制。
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操作復雜:需要精確控制誘導劑的添加時間和濃度,以及可能需要考慮誘導劑對細胞的影響。
誘導條件限制:誘導型表達載體的誘導表達通常受到特定條件的限制,可能不適用于所有研究或應(yīng)用場景。
表達水平波動:不同實驗條件下,表達水平可能存在波動,需要精細調(diào)控。
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適用于特定條件下基因功能研究及蛋白的表達。
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(2)根據(jù)啟動子來源可分為哺乳動物表達載體、酵母表達載體、大腸桿菌表達載體等。
(3)根據(jù)目標基因類型可分為常規(guī)基因表達載體、重組蛋白表達載體、非編碼RNA表達載體、抗體蛋白表達載體等。
常規(guī)基因表達載體、重組蛋白表達載體、非編碼RNA表達載體及抗體蛋白表達載體比較如下:
載體類型
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目標基因
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特點
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限制
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應(yīng)用
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常規(guī)基因表達載體
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未知功能的基因或特定序列
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具有篩選marker或報告基因元件:通過篩選marker或報告基因?qū)崿F(xiàn)基因的亞細胞定位或?qū)崿F(xiàn)基因過表達或恢復表達。
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免疫原性:部分表達載體會使宿主細胞產(chǎn)生免疫反應(yīng),導致載體被清除或細胞死亡。
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基因的功能研究
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重組蛋白表達載體
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編碼目標蛋白的基因序列
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根據(jù)目標蛋白設(shè)計出的基因序列,不一定是天然存在的;
含有目標蛋白篩選、純化的特定標簽元件;
具有多樣化的蛋白表達系統(tǒng)如大腸桿菌、酵母、哺乳動物、昆蟲細胞等。
啟動子多為誘導型表達啟動子;
具有良好的擴展性:從實驗級別到工業(yè)級別。
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1、成本高:從載體構(gòu)建到蛋白純化。
2、放大困難:主要受困于細胞生長條件、產(chǎn)物穩(wěn)定性維持等。
3、部分蛋白因結(jié)構(gòu)復雜、難以正確折疊或易被宿主細胞降解等原因而無法高效表達。
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非編碼RNA表達載體
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miRNA、siRNA、lncRNA或circRNA等多種類型
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特異性:針對特定的基因或RNA分子進行RNA序列選擇及設(shè)計。
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1、引發(fā)免疫反應(yīng);
2、出現(xiàn)非特異性調(diào)控;
3、穩(wěn)定性差:非編碼RNA 在體內(nèi)的穩(wěn)定性較低
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1、調(diào)控基因表達;
2、可作為研究非編碼RNA生物學功能的有利工具;
3、具有治療某些由異常基因表達引起的疾病
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抗體蛋白表達載體
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編碼特定抗體的基因序列,包含編碼抗體重鏈和輕鏈的DNA片段
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靈活性強:可表達多種類型的抗體,包括單克隆抗體、多克隆抗體、嵌合抗體等。
通過改造和優(yōu)化載體,還可以實現(xiàn)多基因共表達、融合蛋白表達等高級應(yīng)用。
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1、表達效率的不穩(wěn)定性:載體表達效率受到宿主細胞類型、培養(yǎng)條件、基因序列等因素導致表達效率的不穩(wěn)定。
2、活性不易控制:抗體聚集和錯誤折疊而失去活性。
3、純化成本高:昂貴的純化試劑和設(shè)備,增加了抗體生產(chǎn)的成本。
4、宿主細胞的安全性:某些宿主細胞(如哺乳動物細胞)進行抗體表達時,可能攜帶病毒、細菌或其他病原體,需要嚴格的生物安全措施來確保生產(chǎn)過程中的安全。
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抗體藥物研發(fā)
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主要功能與應(yīng)用:
(1)基因表達與功能研究:在特定宿主細胞中表達目標基因,并研究該基因在宿主細胞中的功能。這種技術(shù)對于理解基因在生物體內(nèi)的作用機制、基因功能發(fā)現(xiàn)等具有重要意義。
(2)蛋白生產(chǎn):用于生產(chǎn)具有特定功能的蛋白質(zhì)。通過選擇適當?shù)乃拗骷毎捅磉_載體,可以高效地表達并純化目標蛋白,用于生物制藥、診斷試劑、工業(yè)酶等領(lǐng)域。
(3)基因療法:在基因治療領(lǐng)域,表達載體可將正常的基因?qū)氲交颊叩募毎校蕴鎿Q或修復缺陷基因。通過這種表達載體介導的基因轉(zhuǎn)移技術(shù),可以實現(xiàn)基因在患者細胞中的長期、穩(wěn)定表達,從而達到治療疾病的目的。
(4)疫苗開發(fā):表達載體將抗原基因?qū)胩囟ㄋ拗骷毎斜磉_,誘發(fā)免疫反應(yīng)可以制備出具有免疫原性的抗原蛋白。這些抗原蛋白可以用于制備疫苗,預防和控制傳染病的發(fā)生。
? 編輯載體查看詳細
編輯載體(Editing Vector)是一種用于基因編輯的分子工具,它通常基于質(zhì)粒(plasmid)或其他DNA載體系統(tǒng),并攜帶特定的基因編輯元件,如DNA核酸酶、識別序列以及模板DNA等,用于在目標生物體的基因組中進行精確的DNA序列修改。編輯載體的設(shè)計和構(gòu)建需要高度的專業(yè)知識和技能,以確保編輯的精確性和效率。隨著基因編輯技術(shù)的不斷發(fā)展,編輯載體在生物醫(yī)學研究、農(nóng)業(yè)生物技術(shù)、基因治療等領(lǐng)域的應(yīng)用前景越來越廣闊。
主要功能與應(yīng)用:
(1)基因敲除:通過DNA核酸酶在特定位置切割DNA,然后依賴細胞的DNA修復機制(如非同源末端連接)來刪除或破壞基因。
(2)基因敲入:在DNA切割后,通過提供模板DNA來引導細胞進行同源重組,從而在特定位置插入新的DNA序列。
(3)基因修復:類似于基因敲入,但用于修復已存在的突變或缺陷。
根據(jù)編輯對象不同,主要分為CRISPR Cas9敲除載體和CRISPR Cas13敲除載體,比較如下表:
載體類型
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定義
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特點
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編輯對象
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限制
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CRISPR Cas9敲除載體
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一種基于CRISPR-Cas9系統(tǒng)的基因敲除(Knockout,Ko)工具。載體上的Cas9蛋白來源于化膿鏈球菌(Streptococcus pyogenes)的II型CRISPR/Cas系統(tǒng),能夠精確地識別和切割目標DNA序列,實現(xiàn)基因的定點敲除。
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1、靈活性:載體構(gòu)建技術(shù)易于操作,可以通過改變Cas9蛋白的序列實現(xiàn)對不同DNA序列的剪切。
2、廣泛適用性:載體構(gòu)建技術(shù)可廣泛應(yīng)用于各種生物體系,包括細菌、酵母、植物、動物等。
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DNA
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1、脫靶效應(yīng):存在一定的脫靶效應(yīng)。
2、基因組不穩(wěn)定性:引起的DNA斷裂和修復可能導致基因組的不穩(wěn)定性,增加突變的風險。
3、致癌風險:研究表明,CRISPR Cas9-Ko載體可能引發(fā)某些類型的癌癥。
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CRISPR Cas13敲除載體
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Cas13是一種能夠切割RNA的CRISPR相關(guān)蛋白,具有高度的RNA識別和切割能力,能夠精確地識別和切割目標RNA序列。
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1、靈活性:Cas13-Ko載體可以靈活地針對不同的RNA序列進行編輯,只需要更換相應(yīng)的crRNA即可。
2、安全性:Cas13-Ko載體在RNA水平下進行編輯,不會改變基因組DNA序列,因此避免了可能由DNA編輯引起的脫靶效應(yīng)和基因突變等風險。此外,Cas13-Ko載體在編輯過程中產(chǎn)生的副產(chǎn)物較少,對細胞毒性較低,進一步提高了其安全性。
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RNA
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1、脫靶效應(yīng):盡管CRISPR Cas13在RNA識別方面具有較高的特異性,但仍存在一定的脫靶效應(yīng)風險。
2、長期效果和安全性:CRISPR Cas13-Ko載體在RNA編輯方面的長期效果和安全性仍需要進一步研究和評估。
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? 表達調(diào)控載體查看詳細
表達調(diào)控載體通常包含啟動子、增強子、沉默子等必須的順式調(diào)控元件,以及一個或多個用于插入目標基因的多克隆位點。通過設(shè)計這些調(diào)控元件,研究人員可以精確地控制目標基因在特定時間、特定組織或特定條件下的表達水平。
主要功能與應(yīng)用:
(1)基礎(chǔ)科學研究:通過構(gòu)建表達調(diào)控載體,可以精確地控制目標基因在特定時間或特定細胞類型中的表達,從而深入研究該基因在生物體中的功能。
(2)代謝工程:通過精確控制關(guān)鍵酶的表達水平,提高目標產(chǎn)物的產(chǎn)量或改變其代謝產(chǎn)物的比例。
(3)醫(yī)藥研發(fā):通過調(diào)控治療基因的表達來糾正或補償缺陷基因的功能,實現(xiàn)疾病的基因治療。
(4)作物改良:通過提高抗旱、抗病或抗蟲基因的表達水平,增強作物的抗逆性。
根據(jù)調(diào)控表達形式主要分為CRISPRi載體及CRISPRa載體。詳情如下表:
載體類型
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特點
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關(guān)鍵元件
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工作原理
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CRISPRi載體
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用CRISPR/Cas系統(tǒng)從阻止基因轉(zhuǎn)錄的起始來抑制或沉默特定基因的表達;
CRISPRi介導的敲低是可誘導且可逆的。
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dCas9、sgRNA、KRAB
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主要依賴于dCas9(沒有切割活性的Cas9)和sgRNA(單鏈引導RNA)的復合物。當這個復合物被引導到靶基因的轉(zhuǎn)錄起始位點(TSS)時,dCas9能夠物理性地阻礙RNA聚合酶的通過,導致基因沉默。同時,dCas9可以融合一個基因抑制結(jié)構(gòu)域,如KRAB結(jié)構(gòu)域,進一步提高轉(zhuǎn)錄抑制的效率。這種結(jié)構(gòu)域可以阻止轉(zhuǎn)錄因子與DNA的結(jié)合,從而抑制基因的表達。
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CRISPRa載體
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利用CRISPR/Cas9系統(tǒng)原理進行基因激活表達;
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dCas9、sgRNA、轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域(如VP64或p65AD)
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將dCas9與轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域(如VP64或p65AD)融合,形成一個具有轉(zhuǎn)錄激活功能的Cas9-激活域融合蛋白。當這個融合蛋白與sgRNA結(jié)合時,它可以被引導到目標基因的啟動子或增強子區(qū)段,并通過轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域的作用,促進RNA聚合酶的招募和轉(zhuǎn)錄起始復合物的形成,從而實現(xiàn)對目標基因的激活。
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? 體外轉(zhuǎn)錄載體查看詳細
體外轉(zhuǎn)錄(In Vitro Transcription,IVT)載體,又稱為無細胞轉(zhuǎn)錄載體,是一種在實驗室條件下,利用純化的DNA作為模板,在試管或其他容器中進行的RNA合成過程。主要用于生產(chǎn)和研究RNA分子。
主要功能與應(yīng)用:
(1)mRNA疫苗和免疫治療:通過體外轉(zhuǎn)錄技術(shù),可以制備出編碼特定抗原的mRNA,這些mRNA可以在體內(nèi)被細胞攝取并翻譯成蛋白質(zhì),從而誘導機體產(chǎn)生免疫反應(yīng)。這種技術(shù)已經(jīng)成功應(yīng)用于多種傳染病和腫瘤的疫苗研發(fā)中。
(2)基因功能研究:在分子生物學和生物技術(shù)的基礎(chǔ)研究和教學領(lǐng)域,體外轉(zhuǎn)錄技術(shù)是一種重要的實驗工具。通過體外轉(zhuǎn)錄實驗,可以幫助學生和研究人員更深入地理解RNA的合成、加工和功能機制。
(3)生物合成和代謝工程:用于生產(chǎn)具有特定功能的RNA分子,如RNA酶、RNA適配體等。這些RNA可以用于生產(chǎn)特定的生物活性物質(zhì)或調(diào)節(jié)代謝途徑。
(4)診斷與檢測:還可以用于生產(chǎn)標記有放射性同位素或其他探針的RNA分子,通過檢測特定RNA分子的表達水平或結(jié)構(gòu)變化,可以判斷疾病的發(fā)病機制和病情進展。
根據(jù)體外轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物不同主要分為RNA體外轉(zhuǎn)錄載體和mRNA體外轉(zhuǎn)錄載體。詳情如下表:
載體類型
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必須元件
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IVT產(chǎn)物
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RNA體外轉(zhuǎn)錄載體
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T7啟動子
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RNA
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mRNA體外轉(zhuǎn)錄載體
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T7啟動子、Kozark序列、5’UTR、3’UTR、polyA
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mRNA
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優(yōu)勢:
(1)高效快速:可以在短時間內(nèi)合成出大量的RNA/mRNA分子,滿足實驗需求。
(2)高純度:通過體外轉(zhuǎn)錄系統(tǒng)合成的RNA/mRNA分子純度高,不需要經(jīng)過復雜的分離和純化步驟。
(3)靈活性:可以合成各種長度和序列的RNA/mRNA分子,適用于不同的實驗需求。
(4)可控性強:體外轉(zhuǎn)錄過程可以在實驗室內(nèi)進行控制,可以根據(jù)實驗需要調(diào)整反應(yīng)條件和時間。
(5)適用于大規(guī)模生產(chǎn):由于體外轉(zhuǎn)錄系統(tǒng)的高效性和可控性,它適用于大規(guī)模生產(chǎn)RNA分子,如mRNA疫苗的生產(chǎn)等。
限制:
(1)穩(wěn)定性受限:體外轉(zhuǎn)錄的RNA/mRNA分子在保存和運輸過程中可能受到溫度、濕度等環(huán)境因素的影響,導致穩(wěn)定性下降。
(2)可能產(chǎn)生非特異性產(chǎn)物:在體外轉(zhuǎn)錄過程中,可能會產(chǎn)生一些非特異性的RNA產(chǎn)物,影響實驗結(jié)果的準確性。
(3)不適用于所有類型的RNA合成:雖然體外轉(zhuǎn)錄系統(tǒng)可以合成多種類型的RNA分子,但對于某些特殊的RNA結(jié)構(gòu)或功能可能無法實現(xiàn)有效合成。
? 啟動子功能檢測載體查看詳細
啟動子功能檢測載體將目標啟動子序列與報告基因(熒光蛋白、酶等)相連,并將其導入到目標細胞或組織中。當啟動子被激活時,會驅(qū)動報告基因的表達,通過觀察報告基因的表達情況來評估啟動子的活性。
關(guān)鍵元件:
一個啟動子插入位點及供啟動子驅(qū)動表達的報告基因,以及必要的調(diào)控序列和標記基因。
特點:
報告基因多樣:通常包含一個或多個報告基因,如熒光素酶或綠色熒光蛋白(GFP),用于衡量啟動子的活性。
應(yīng)用優(yōu)勢:
(1)快速篩選:能夠快速識別和評估啟動子的活性。
(2)定量分析:報告基因的表達水平可以量化,便于比較不同啟動子的效率。
(3)多樣性評估:適用于多種研究應(yīng)用,包括啟動子鑒定、功能分析和優(yōu)化。
(4)技術(shù)成熟:利用雙熒光素酶報告系統(tǒng)進行轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件活性及結(jié)合位點預測等實驗設(shè)計思路與細節(jié)已經(jīng)非常成熟。
應(yīng)用限制:
(1)背景噪聲:某些載體可能存在非特異性表達,導致背景噪聲。
(2)宿主限制:啟動子的活性可能受到宿主細胞類型的影響。
(3)成本:購買或構(gòu)建高特異性的檢測載體可能成本較高。
? 蛋白互作檢測載體查看詳細
蛋白互作檢測通常通過構(gòu)建融合蛋白表達載體來實現(xiàn),其中目標蛋白序列與報告基因或標簽序列融合,并在宿主細胞中共表達這兩個融合蛋白。當這兩個融合蛋白發(fā)生相互作用時,它們能夠激活或抑制與它們相連的報告基因,從而引發(fā)可測量的信號變化,如熒光強度的增強或顏色的改變。通過檢測這些信號變化,研究人員能夠評估并量化蛋白質(zhì)之間的相互作用。
關(guān)鍵元件:
目標基因插入位點、用于報告蛋白互作的報告系統(tǒng)元件。
特點:
(1)雙報告基因系統(tǒng):通常包含兩個報告基因,用于監(jiān)測蛋白間的相互作用。
(2)融合標簽:載體設(shè)計包含融合蛋白標簽,如GST、His或Flag,便于蛋白的純化和檢測。
(3)信號放大:一些載體通過信號放大機制提高檢測的靈敏度。
優(yōu)勢:
(1)實時監(jiān)測:可以實時監(jiān)測蛋白互作的動態(tài)過程。
(2)定量分析:提供了一種定量分析蛋白互作強度的方法。
(3)高通量篩選:適用于大規(guī)模篩選實驗,有助于快速識別互作蛋白。
(4)應(yīng)用廣泛:可用于藥物篩選、疾病機制研究和信號傳導途徑分析。
限制:
(1)假陽性/假陰性:可能由于非特異性結(jié)合或?qū)嶒灄l件不當導致錯誤結(jié)果。
(2)局限性:蛋白互作檢測載體通常只能檢測到已知蛋白質(zhì)之間的相互作用,對于未知的蛋白質(zhì)相互作用可能無法檢測。此外,一些低親和力或瞬時的蛋白質(zhì)相互作用也可能無法被檢測到。